Původ Brněnského draka není věrohodně doložen. Mezi obyvateli Brna o něm již po staletí koluje řada pověstí. Podle jedněch byl krokodýl do Brna dovezen již vycpaný. Podle jiných žil původně v jeskyni u řeky Svratky

Nejčastěji se traduje, že krokodýla daroval Brnu markrabě Matyáš roku 1608. Zpráva o tom byla uložena do báně radniční věže roku 1749. Drak však musel být v Brně již před rokem 1608, protože podle účtů z brněnského archivu byl restaurován a odčervován již v letech 1578, 1579. Sama Stará radnice, v jejímž průjezdu je krokodýl zavěšen, však na vstupenkách do věže uvádí, že krokodýl byl darem tureckých poslů králi Matyášovi II. roku 1609.

Podle jedné pověsti narazili lidé na draka ve skalách při budování města Trutnova. Draka ulovili, zabili a vycpaného uložili na trutnovském hradu. To se mělo odehrát již kolem roku 1006. Trutnovští jej pak věnovali roku 1024 na sněmu v Brně knížeti a dostali za to právo mít pečeť s obrazem draka.

Říká se také, že draka přivezli do Brna rytíři z křižáckých výprav.